par Supriya Vaish, Sumit K. Soni, Balvindra Singh, Neelima Garg, Iffat Zareen Ahmad, Muthukumar Manoharan, Ajaya Kumar Trivedi
https://doi.org/10.1016/j.jgeb.2023.100345
Traduction du résumé
Contexte
Les communautés bactériennes présentes dans les préparations biodynamiques (BD500-BD507) peuvent contribuer à améliorer la santé du sol, le développement des plantes, le rendement et la qualité. Le présent travail décrit une étude métagénomique de ces préparations afin d’identifier les communautés bactériennes ainsi que la diversité fonctionnelle présente en leur sein.
Résultats
Le séquençage du métagénome a été réalisé à l’aide de la plateforme Illumina MiSeq, qui utilise la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS), afin de comprendre les communautés bactériennes et leur diversité fonctionnelle dans les préparations BD. Les données NGS des préparations BD ont révélé qu’un maximum d’unités taxonomiques opérationnelles (OTU) du phylum Proteobacteria était présent dans BD506 (23429), suivi de BD505 (22712) et BD501 (21591), respectivement. De plus, les phylums non classifiés (16657) et les genres (16657) étaient également les plus nombreux dans le BD506. La diversité alpha maximale a été rapportée dans le BD501 (1095 OTU) et minimale dans le BD507 (257 OTU). De plus, les OTUs de cinq groupes fonctionnels métaboliques majeurs, à savoir le métabolisme des glucides, la dégradation des xénobiotiques, les fonctions de transport membranaire, le métabolisme énergétique et les activités enzymatiques, étaient abondantes dans les BD506 et BD501.
Conclusion
Les communautés bactériennes des BD506 et BD501 sont uniques et rares ; elles appartiennent à des catégories fonctionnelles impliquées dans l’activité enzymatique, le transport membranaire, la dégradation des xénobiotiques et le métabolisme des hydrates de carbone. Ces préparations peuvent donc être considérées comme plus efficaces. L’enquête a également révélé une population bactérienne très variée, ce qui pourrait expliquer pourquoi les préparations BD fonctionnent bien sur le terrain. Dans ces conditions, les préparations BD peuvent être utilisées pour des communautés bactériennes inexploitées pour une production agricole durable.